کتاب شورای شش نفره( ریشه ها ، انگیزه ها ، پیامد ها ) حاصل درس هایی است که با عنوان بحث های خارج کلام حضرت آیت الله نجم الدین طبسی ، که طی چندین سال در حوزه علمیه قم – مدرسه آیت الله العظمی گلپایگانی رحمه الله علیه مطرح و ریشه یابی شورای شش نفره خلیفه دوم و حقیقت و پیامد های آن در جامعه و خسارت هایی که در پی داشت پرداخته شده و پس از مراجعه مجدد به متون اصلی و تکمیل و تحقیق ، برای استفاده عموم با عنوان «شورای شش نفره » توسط انتشارات دلیل ما چاپ و منتشر گردید .
سلسله مباحث مهدویت درس خارج مهدویت حضرت آیت الله نجم الدین طبسی در سه جلد با عناوین سفیانی ، دجال و توقیت توسط انتشارات مرکز تخصصی مهدویت به چاپ رسید .
کتاب با علمای اندونزی در مورد مناظره و گفت و گوی صمیمانه جمعی از اندیشمندان اندونزیایی با حضرت آیت الله نجم الدین طبسی در موسسه ولاء صدیقه کبری علیها السلام ، درباره تقیه – صحابه – حضرت جبرئیل – ازدواج موقت می باشد .
این کتاب در سال ۱۳۸۳ به زبان عربی و با عنوان السجن و النفی فی مصادر التشریع الإسلامی نوشته حضرت آیت الله نجم الدین طبسی چاپ گردید و پس از آن با پیشنهاد حجت الاسلام حسینی و حجت الاسلام شفیعی با موافقت حضرت آیت الله طبسی به زبان فارسی ترجمه و توسط انتشارات صفحه نگار در سال ۱۳۸۵ منتشر شدمورد استقبال فراوان قرار گرفت . چاپ دوم آن پس از اضافه نمودن برخی ملاحظات و نظریات در سال ۱۳۹۶ توسط انتشارات بوستان کتاب چاپ و منتشر گردید.
کتاب نکته های ناب از مجموعه دروس خارج کلام حضرت آیت الله نجم الدین طبسی که سالهاست در مدرسه آیت الله العظمی گلپایگانی تشکیل می شود توسط یکی از شاگردان ایشان حجت الاسلام ابراهیم رضایی ، استخراج شده است.